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青篱柴转录组数据SSR位点的生物信息学分析

黄建敏; 李菲; 刘云静; 李彦勋; 汤晓辛 贵州师范大学生命科学学院; 贵州贵阳550001; 贵州省植物生理与发育调控重点实验室; 贵州贵阳550001
青篱柴   转录组   ssr   重复类型   重复基元  

摘要:为探讨青篱柴转录组中简单重复序列(simple sequence repeat,简称SSR)位点信息,开发青篱柴分子标记技术,采用高通量测序技术获得青篱柴转录组原始试验数据,经过生物信息学软件Trinity拼接后,获得66755条单基因簇(universal gene,简称unigene)。进一步采用生物信息学分析软件MISA对所有的unigene进行SSR位点数据挖掘。共计搜索出22542个SSR位点,分布在18972条unigene中,出现频率为33.77%,发生频率为28.42%,SSR平均长度为15bp,平均分布频率是1/3.98kb,在青篱柴转录组的SSR中,单核苷酸、三核苷酸和二核苷酸重复序列为主要重复类型,分别占总SSR的47.59%、27.95%、23.45%。青篱柴转录组数据中SSR序列共包括161种重复基元类型。其中出现频率高的基序主要有A/T、AG/CT、AAG/CTT、AT/AT、C/G、AGG/CTT。重复序列长度在10~144bp之间,大多小于24bp,大于24bp的仅有0.22%(48个SSR位点)。另外,设计筛选得到15425对SSR引物。综上表明青篱柴SSR位点多态性潜能较高,具有很大的可开发性。

简介:《江苏农业科学》(CN:32-1214/S)是一本有较高学术价值的大型半月刊,自创刊以来,选题新奇而不失报道广度,服务大众而不失理论高度。颇受业界和广大读者的关注和好评。

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