摘要：目的：应用生物信息学筛选乳腺癌基因芯片中差异表达的长链非编码RNA（long non-coding RNA, lncRNA）并探讨其在乳腺癌中的表达情况。方法：从美国国立生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI）公共基因芯片数据平台（gene expression omnibus，GEO）下载乳腺癌lncRNA基因芯片数据集GSE33447，包含8对乳腺癌组织及其对应癌旁非肿瘤组织，采用R语言Limma函数包筛选乳腺癌差异表达的lncRNA，并用Benjamini＆ Hochberg错误发现率（false discovery rate，FDR）对原始p值进行多重矫正，采用NONCODE生物信息学网站对lncRNAs进行重新注释，采用starbase 2.0对差异表达的lncRNAs靶基因进行靶向预测，并进一步用DAVID数据库对靶基因进行基因本体论（Gene Ontology，GO）和KEGG信号通路富集分析，最后分别选取3个高表达和3个低表达的lncRNA，采用qRT-PCR的方法验证其在乳腺癌组织中的表达。结果：与正常组织相比，乳腺癌中227个lncRNA存在明显差异表达（Fold change≥2.0，adj.p值〈0.05），其中135个lncRNA表达上调，92个lncRNA表达下调。采用NONCODE对227个差异表达的lncRNA重新注释后发现，47个lncRNA存在明显差异表达，其中17个lncRNA表达上调，30个lncRNA表达下调。通过GO和KEGG信号通路富集分析发现，差异表达的lncRNAs广泛地参与了基因的转录及转录后调控等生物学进程以及PI3K-Akt、Ras、TNF以及p53等信号通路。采用qRT-PCR的方法检测3个高表达（MNX1-AS1、MIAT、HOXA11-AS）和3个低表达（PGM5-AS1、LINC00908、AC226118.1）lncRNA的表达水平，发现乳腺癌组织中MNX1-AS1、MIAT和HOXA11-AS表达水平明显高于其癌旁非肿瘤对照组，而PGM5-AS1、LINC00908和AC226118.1在乳腺癌组织中的表达水平明显低于癌旁非肿瘤对照组（p值均〈0.05），差异有统计学意义，其结果与基因芯片筛查结果一致。结论：使用生物信息学方法�

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