摘要：目的获得药用大黄(Rheum officinale Baill.)转录组信息特征及蒽醌类生物合成通路基因。方法采用高通量测序平台Illumina Hi SeqTM2000 150PE进行大黄幼苗转录组测序并进行系统的生物信息学分析,结合文献报道筛选蒽醌类生物合成通路基因。结果转录组测序共得到9. 34 Gb有效数据(clean data),62 240 114条高质量读长(reads)(SRA数据库注册号SRP160410)。Trinity组装成82 229个单基因(unigene),平均长度1 082 nt。BLAST分析显示64 361条unigene(78. 23%)在NR、NT、Swiss-port、PFAM、KOG数据库得到注释信息;基因本体论(gene ontology,GO)分类的生物过程、细胞组分和分子功能进一步分为57分支;KEGG分析发现1 253条unigenes参与17个次生代谢标准通路。195条基因编码蒽醌类生物合成相关的MVA、MEP、莽草酸和聚酮途径关键酶,166条CYP450基因、66条糖基转移酶基因可能参与次生代谢物的修饰。MISA分析发现转录组包含16 378个简单重复序列(simple sequence repeats,SSRs)。结论利用高通量测序技术和生物信息分析获得药用大黄转录组信息特征,为后期功能基因鉴定、次生代谢途径解析及其调控机制研究奠定基础。

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